Nunukan Timur adalah merupakan suatu wilayah yang berada di bawah administrasi Kecamatan Nunukan. Nama Kelurahan Nunukan Timur adalah merupakan perubahan status nama dari Kampung berubah menjadi Desa Nunukan Timur yang kemudian berubah ke posisi wilayah Kelurahan.

Pada tahun 1963 Wilayah Nunukan hanya dipimpin oleh seorang Kepala Kampung yang bernama Bakri Hasan (Alm).Kegiatan roda pemerintahan berada diwilayah Jl.Blok III. Pada tahun 1973 roda pemerintahan mulai melakukan renovasi wilayah Kampung berubah menjadi status Desa dengan membagi dua wilayah Desa yang terdiri dari wilayah Desa Nunukan Timur dan Wilayah Desa Nunukan Barat. Wilayah Desa Nunukan Barat dipimpin oleh Syaid Hasim (Alm) dan Wilayah Desa Nunukan Timur yang dipimpin oleh Kepala Desa bernama Dg.Lamuka (Alm) dengan masa bhakti periode tahun 1973 s/d 1993. Mula-mula struktur Pemerintahan Desa hanya 3 orang yang terdiri dari Kepala Desa yang dipimpin langsung oleh Dg.Lamuka (Alm), Wakil Kepala Desa oleh Amin Hasan (Alm) dan Sekretaris Desa oleh Supardi Kasmin. Pusat roda pemerintahan Desa Nunukan Timur masih bergabung dengan Desa Nunukan Barat yang terletak dijalan Yos Sudarso (samping Koramil Nunukan). Menjelang 2 tahun masa pemerintahan Desa Nunukan Timur, Kepala Desa mulai melakukan pembenahan diri terutama menyiapkan Sarana dan Prasarana Desa. Pada tahun 1975 Pusat Pemerintahan Desa Nunukan Timur terletak di Jalan Ahmad Yani RT.01 Desa Nunukan Timur Kecamatan Nunukan Kabupaten Bulungan. Lahan dan Gedung Desa senilai Rp.34.000.000,00 adalah merupakan hasil Swadaya masyarakat sebagai upaya dukungan kepada pemerintahan. Seiring hal tersebut aparatur Pemerintahan Desa juga mulai bertambah 2 orang yaitu Sat menjabat selaku Bendahara Desa Nunukan Timur dan Soeparno selaku staf pembantu Desa sehingga menjadi 5 orang. Tahap demi tahap pembenahan dibidang Sosial, Ekonomi, Kebudayaan, Olah raga, dan lain-lain mulai maju dan berkembang. Pada tahun 1980 personil Desa Nunukan Timur bertambah dengan masuknya Abd.Rasyid.P menjabat selaku Kaur Pemerintahan, Puang Anta menjabat selaku Kaur Pembangunan, Hj.Masyiah, Laode (Alm), dan Ambo selaku staf pembantu. Jumlah Aparat Desa bertambah menjadi 10 orang.Pada tahun 1993 pembenahan struktur Desa semakin ditingkatkan dengan menambah personil/staf Desa guna melayani masyarakat yang semakin meningkat.Diantaranya Suriati, Harianto, Asna, Saharuddin, Ningsih, Rini, Ninik Ernawati,SE dan Desi. Seiring masa kepimpinan Dg.Lamuka (Alm) pada tahun 1993 dengan ledakan jumlah penduduk yang semakin pesat serta kebutuhan layanan publik semakin meningkat, kondisi wilayah yangcukup luas sehingga jangkauan kepemerintahan Desa sangat sulit, maka Pemerintah Bulungan (Bupati) atas usulan Camat Nunukan kembali melakukan pemekaran 2 Desa, yaitu Desa Nunukan Timur mekar menjadi Desa Nunukan Selatan sedangkan Desa Nunukan Barat mekar menjadi Desa Nunukan Utara. Kurun waktu 20 tahun (1973-1993) masa kepimpinan Dg.Lamuka (Alm) telah berakhir, maka pada tahun 1993 pemerintah kembali melakukan pesta pemilihan Kepala Desa di wilayah Kelurahan Nunukan Timur Kecamatan Nunukan. Pencalonan Kepala Desa terdiri dari 4 orang, diantaranya Supardi Kasmin, Drs.Ibrahim, H.Armain, Bambang Soetarno (Alm). Dari hasil verifikasi 2 kandidat yang memenuhi persyaratan yang telah ditentukan, yaitu Supardi Kasmin dan Drs.Ibrahim. Pemilihan telah berlangsung sehingga yang memenangkan hasil pemilihan tersebut adalah Supardi Kasmin dengan perolehan suara ± 6.000 suara.Pada tahun 1993 Bupati Bulungan (Yusuf Dalli) melantik Supardi Kasmin menjadi Kepala Desa Nunukan Timur.Penataan mulai dilakukan kembali demi terwujudnya pelayanan yang maksimal kepada masyarakat Kelurahan Nunukan Timur. Jabatan Wakil Kepala Desa telah dihapus dan digantikan oleh jabatan Sekretaris Desa Nunukan Timur yang di jabat oleh Hermansyah.

Memasuki tahun 2000 Pemerintah Desa melakukan inovasi sarana dan prasarana yaitu melakukan pemindahan lokasi gedung Desa Nunukan Timur di jalan TVRI yang sekarang berubah namaalamat menjadi Jl.Pattimura. Lokasi Kantor Desa Nunukan Timur yang terletak di Jl.Pattimura tersebut adalah merupakan hasil Swadaya masyarakat dan sebagaian dari dana penyisihan PBB. Biaya bangunan/kantor Desa mendapat bantuan dana dari Pemerintah Bulungan sebesar ± Rp.125 juta dengan ukuran bangunan/gedung ± 11 x 17 meter, ukuran lahan ± 32 x 22 meter dengan jumlah Rp.56.320.000,00. Salah satu devisa Desa Nunukan Timur yang sangat besar adalah diperoleh dari Kepengurusan Tenaga Kerja Indonesia (TKI). Dalam kurun waktu ±20 tahun (1973-1993) Supardi Kasmin selaku Sekretaris Desa Nunukan Timur dan ±11 tahun masa kepemimpinan Supardi Kasmin selaku Kepala Desa Nunukan Timur masa periode 1993 s/d 2004. Menyadari Pentingnya Pelayanan Kepada Publik, maka pada bulan Desember 2003 kembali menandai tonggak sejarah baru pemerintahan Desa. Pemerintah melakukan perombakan terutama pada starus Desa di tingkatkan menjadi status Kelurahan.Maksud dan tujuan perubahan status Desa menjadi Kelurahan adalah untuk meningkatkan kegiatan Pemerintahan secara berdaya guna dan berhasil guna dalam meningkatkan pelayanan kepada masyarakat sesuai dengan tingkat perkembangan pembangunan. Hal ini berdasarkan PERDA Nomor 47 Tahun 2003 tentang Perubahan Status Desa Menjadi Kelurahan dalam Wilayah Kecamatan Nunukan Kabupaten Nunukan, pada tanggal 18 Desember 2003 oleh Bupati Nunukan H.Abdul Hafid Achmad. Desa-desa yang dirubah statusnya adalah Desa Nunukan Timur menjadi Kelurahan Nunukan Timur, Desa Nunukan Barat menjadi Kelurahan Nunukan Barat, Desa Nunukan Utara menjadi Kelurahan Nunukan Utara, dan Desa Nunukan Selatan menjadi Kelurahan Nunukan Selatan. Kepemimpinan Kelurahan Nunukan Timur di jabat olehDrs.Sudi Hermanto sebagai Lurah Nunukan Timur yang pertama.Dimasa kepemimpinan ini pembangunan sudah meningkat di segala bidang.Masa kepimpinannya selama 2 tahun terhitung tahun 2004 s/d 2006. Pemerintah Kabupaten Nunukan melakukan pemutasian dengan melantik Wilson,SE sebagai Lurah Nunukan Timur yang kedua. Masa kepimpinannya selama 2 tahun terhitung tahun 2006 s/d 2008. Dengan berakhirnya masa kepimpinan Wilson,SE sebagai Lurah kedua. Tahun demi tahun rotasi kepemimpinan Kelurahan Nunukan Timur terus dilakukan dengan melalui pemutasian pegawai.Maka Bupati Nunukan melantik Aris Nur,SSTP sebagai Lurah yang ke tiga.Masa kepemimpinannya selama 2 tahun terhitung sejak tahun 2008 s/d 2010.

Dengan berakhirnya masa kepemimpinan Aris Nur, SSTP sebagai Lurah Nunukan Timur yang ketiga maka Bupati Nunukan kembali melakukan pemutasian pegawai dengan melantik Lurah Nunukan Timur yang baru yaitu Dyah Lestari Setya Pudji,SE selaku Lurah Nunukan Timur yang keempat. Masa kepemimpinannya juga berakhir selama 2 tahun terhitung tahun 2010 s/d 2011. Pada tahun 2011 pemerintah terus melakukan perombakan pegawai terutama di level kepemimpinan Kelurahan khususnya Kelurahan Nunukan Timur. Bupati Nunukan melantik Lurah Nunukan Timur yang kelima yaitu Yudi Hamdani,S.Sos. Masa kepemimpinannya terhitung sejak tahun 2011 s/d 2018 kepemimpinan sekarang. Pada tahun 2014 pada bulan Januari, pemerintah menyeiapkan bangunan/gedung Pemerintahan Kelurahan Nunukan Timur yang terletak di Jalan Pasar Sentral RT.05 Kelurahan Nunukan Timur. Kemudian Kepemimpinan Lurah Nunukan Timur dilanjutkan oleh Totok Suprapto sejak Tahun 2018 s/d Tahun 2022 yang kemudian pada Tahun 2022 Jabatan Lurah Nunukan Timur di gantikan atau dilanjutkan oleh Andi Artisaman Corha, S. Sos sampai dengan sekarang.

Visi: Meningkatkan standar pelayanan prima dan pemberdayaan masyarakat guna terciptanya masyarakat mandiri, berbudaya, dan sejahtera.

Misi:

• Meningkatkan kualitas pelayanan masyarakat,
• Meningkatkan tertib administrasi kegiatan di segala bidang,
• Meningkatkan pembinaan dan peran serta masyarakat dalam pembangunan,
• Meningkatkan kinerja aparatur,
• Mewujudkan kondisi kehidupan masyarakat yang tertib, aman dan tentram.

Berikut struktur organisasi Kelurahan Nunukan Timur:

Kelurahan Nunukan Timur terdiri dari 21 RT, serta memiliki batas wilayah sebagai berikut:

• Sebelah Utara: Kelurahan Nunukan Utara
• Sebelah Selatan: Kelurahan Selisun
• Sebelah Barat: Kelurahan Nunukan Tengah
• Sebelah Timur: Laut